Игра не раскрывает большую часть своей истории традиционным способом. Чтобы разобраться, что на самом деле происходит, нужно просматривать различные записи и читать документы. Всего будет 55 документов и 50 видеороликов, которые проливают свет на часть сюжета. Он во многом основывается на событиях в Джонстауне 1978 года, приведших к бойне. Персонажи сюжета вымышлены. Салливан Нот и его последователи решили оставить наш греховный мир позади и основали город Темпельские Врата глубоко в пустыне и вдали от какой-либо цивилизации. Кнот и его церковь готовятся к невзгодам конца времен.
Блейк Лангерманн, работающий журналистом и оператором, совместно с женой Линн решается раскрыть дело о загадочном убийстве беременной женщины с именем Джейн Доу. Для этого они прибывают в район Супай, штат Аризона, в пустыню Сонора, чтобы найти промышленный комплекс, из-за которого в окружающей среде высокая концентрация ртути. Это подтверждают анализы крови убитой женщины. В ходе расследования и поисков герою придется столкнуться с множеством проблем и врагов.
